Był on wtedy jednym z 65 kościołów istniejących w rozległym archidiakonacie pomorskim należącym do diecezji włocławskiej. Jego budowę przypisuje się zamieszkującej chmieleński gród córce
Świętopełka - księżniczce Damroce. Pod koniec życia Damroka ofiarowała kościół klasztorowi norbertanek w Żukowie. Pierwsza pisemna wzmianka o chmieleńskim kościele pochodzi z roku 1280, kiedy to biskup włocławski Albierz zezwolił norbertankom na przyjęcie kościoła św. Piotra w Chmielnie wraz z uposażeniem, czyli dobrami przeznaczonymi na jego utrzymanie. W ten sposób żukowski klasztor został kolatorem (patronem) chmieleńskiego kościoła i pełnił tą rolę aż do początku XIX wieku, kiedy zaborca zlikwidował wszystkie zgromadzenia zakonne, a dobra kościelne przejęło państwo pruskie. W 1821 roku, staraniem władz pruskich, parafia chmieleńska wraz z całym archidiakonatem pomorskim włączona została do diecezji chełmińskiej.
W początkach swego istnienia parafia Chmielno była bardzo rozległa. Jeszcze w połowie XIV wieku należały do niej wsie: Chmielno, Brodnica, Grzebieniec, Ręboszewo, Zawory, Łączyno, Borzestowo, Miechucino, Cieszenie, Bącz, Staniszewo, Sianowo, Kożyczkowo, Garcz, Prokowo, Łapalice, Mirachowo, Reskowo i Sierakowice. W okresie średniowiecza wydzielono jednak z jej terytorium parafię sierakowicką i sianowską. Na początku wieku XX, z inicjatywy chmieleńskiego proboszcza - Józefa Szotowskiego powstały nowe parafie w Brodnicy Górnej i Wygodzie, a pod koniec minionego stulecia dzięki zaangażowaniu księdza Franciszka Koski utworzono parafię Miechucino. Dziś do parafii chmieleńskiej należą wsie: Chmielno, Kożyczkowo, Garcz, Łapalice, Chmielonko, Lampa i Zawory. Początkowo chmieleński kościół był pod wezwaniem św. Piotra. W sprawozdaniach z wizytacji z końca XVI wieku wymieniany jest jako świątynia pod wezwaniem św. Piotra i Pawła. W 1863 roku papież Pius IX wydał breve ustanawiające św. Mikołaja trzecim patronem.
Odpust w parafii obchodzony jest dwa razy w roku. Pierwszy na dzień świętych Piotra i Pawła (29 czerwca), drugi na dzień św. Mikołaja (6 grudnia).
Pierwszy chmieleński kościół zbudowany był z drzewa modrzewiowego i jak pisał w XIX wieku w "Pielgrzymie" Szczepan Keller, cały pokryty dębowymi gontami. Na przestrzeni wieków wielokrotnie był remontowany i powiększany przez dobudowę prezbiterium, wieży i murowanej zakrystii. Musiał być solidną budowlą skoro przetrwał 600 lat. Nie zachował się żaden szkic, który  przedstawiałby tę świątynię.

W XIX wieku, kiedy konieczny był kapitalny remont i dalsza rozbudowa, bo świątynia nie mieściła już wiernych, zapadła decyzja o rozbiórce drewnianego kościoła i pobudowaniu na jego miejscu nowego- murowanego. Dzieła budowy podjął się proboszcz Tadeusz Tempski.
Rozbiórkę rozpoczęto w czerwcu 1845 roku, a w grudniu 1846 roku odbyło się pierwsze nabożeństwo w nowym kościele. Dzisiejsza świątynia powstawała w trzech etapach. Główną bryłę pobudowano w latach 1845-1846, w 1860 roku postawiono wolnostojącą wieżę, a w 1887 roku połączono ją z istniejącą świątynią powiększając przy okazji znacznie całą budowlę.

Ostatnia przebudowa miała miejsce w 1980 roku - proboszcz Franciszek Koska zlecił wykonanie nowego wejścia do kościoła przez wieżę, na wprost ołtarza głównego.
Unikatowe jest wnętrze kościoła, którego sufit i ściany zdobią piękne kaszubskie wzory - dzieło profesora Szczeblewskiego wykonane na początku lat pięćdziesiątych XX wieku.
Kryje ono także wiele cennych zabytków starszych od murów świątyni.
Uwagę odwiedzających przykuwają ołtarze. Od strony północnej umieszczony jest ołtarz zwany maryjnym. Został on wykonany w 1677 roku w Gdańsku i pierwotnie znajdował
się w katedrze pelplińskiej, z której w trakcie przebudowy trzeba było go usunąć. Na prośbę proboszcza Tempskiego kapituła katedralna przekazała go w roku 1847 jako dar dla nowego kościoła w Chmielnie.
Czarny, marmurowy ołtarz Serca Jezusowego pochodzący z przełomu XVII i XVIII wieku odkupiono od parafii kartuskiej, gdy ta dostosowywała do potrzeb wiernych kościół poklasztorny.
W Kartuzach też kupiono, znajdującą się w ołtarzu głównym, tzw. grupę Ukrzyżowania.
Pochodzi ona z rozebranego w latach czterdziestych XIX stulecia kościoła św. Katarzyny.
Szczególnym zabytkiem jest pochodzący z XVII wieku obraz Matki Boskiej Śnieżnej, której parafianie przypisywali cudowną moc, a po dziś dzień nazywają Panią Chmieleńską.
Czasy starego drewnianego kościoła pamiętają pięknie rzeźbione, barokowe feretrony, w których umieszczone są olejne obrazy; w większym z epoki baroku (Maryja Panna Dobrej Rady z jednej strony, z drugiej Ofiarowanie Chrystusa w Świątyni), w mniejszym obrazy przedstawiające św. Józefa oraz św. Piotra i Pawła, pochodzą z wieku XIX.
Niezwykłym zabytkiem jest przepiękna barokowa wieczna lampka wykonana ze srebra w gdańskim warsztacie Zygfryda Örnstera, dar trzech parafian, który już w 1702 roku przykuł uwagę odwiedzającego kościół wizytatora. Przeniesiono ją do nowej świątyni. Czasy starego kościoła pamięta również wielokrotnie odnawiana XVIII wieczna chrzcielnica.
Najstarszym chmieleńskim zabytkiem jest gotycka Pieta, od początku lat osiemdziesiątych ubiegłego stulecia przechowywana jako depozyt w Muzeum Diecezjalnym w Pelplinie.
Z XVI wieku pochodzi także jeden z zamieszczonych na wieży dzwonów. Jego wiek określono na podstawie gotyckiego napisu w dialekcie dolnoniemieckim, zawierającym prośby do świętej Anny, Barbary i Katarzyny.
Zabytkową wartość przedstawiają także organy zakupione w 1887 roku w pracowni Juliusa Witta w Gdańsku.
Nierozerwalnie z Kościołem od najdawniejszych czasów związany był cmentarz, szpital i szkoła.
Pierwszy cmentarz w Chmielnie, tak jak w każdej parafii znajdował się wokół kościoła. Jeszcze dziś na przykościelnym terenie znajdują się fragmenty ostatnich zachowanych grobów.
W 1884 roku urządzono nowy cmentarz, który powiększono w 1906 i w takim kształcie jaki wtedy otrzymał przetrwał do dzisiaj. W 2007 roku pobudowano przy cmentarzu kaplicę przedpogrzebową.
Szpital po kaszubsku "szpëtôl" to był przytułek dla ludzi ubogich, chorych, samotnych, pokrzywdzonych przez los. Pierwszy szpital w Chmielnie założył na początku XVIII wieku proboszcz Mikołaj Kręcki, który także w testamencie przekazał niebagatelną kwotę na jego funkcjonowanie. O chmieleński przytułek, w którym na ogół przebywały cztery osoby dbali wszyscy następni proboszczowie.
Przy kościele już w XVI wieku funkcjonowała szkoła parafialna, w której organista będący jednocześnie nauczycielem uczył chłopców głównie ministrantury i śpiewu kościelnego. W 1818 roku władze pruskie utworzyły szkołę publiczną, a miejscowy proboszcz przez długie lata pełnił rolę inspektora szkolnego, którą stracił w czasach Kulturkampfu. W okresie nasilonej akcji germanizacyjnej, gdy zaborca wprowadził obowiązek nauczania religii w języku niemieckim w Chmielnie i Miechucinie w 1906 i 1907 roku miały miejsce strajki szkolne.
Jednym z niezwykłych chmielan był ks. Szczepan Keller - twórca "Pielgrzyma", autor "Zbioru pieśni nabożnych”, tytan pracy i wzór pracowitości, spisał między innymi wierszem legendę o złotych drzwiach zatopionych w jeziorze Białym w Chmielnie. W naszej pamięci powinniśmy mu przeznaczyć wyjątkowo poczesne miejsce.
Po raz pierwszy historię kościoła w Chmielnie na początku XVIII wieku przedstawił przeor kartuzów Jerzy Szwengel w dziele zatytułowanym "Ad historiam ecclesiasticam Pomeraniae". Sporządził on też wykaz proboszczów i zarządców parafii, który współcześnie uzupełniono o następców:
1. 1460r.- dominus Jacobus
2. 1596r.- Erasmus Swarski
3. 1617r.- Stanisław Mioduszewski
4. 1627r.- zmarł komendarz Georgius Romer
5. 1628r.- Andreas Rosunowski komendarzem aż do 1631
6. 1632r.- Stanisław Mioduszewski został zarządcą po raz drugi
7. 1661r.- Albertus Wilderman - zmarł w 1672 roku w Sierakowicach, gdzie także był administratorem
8. 1672, 1673r.- Michael Glok
9. 1674r.- Nicolaus Sosnowicz
10. 1674r.- Christophorus Sokolnicki, przybył z diecezji lwowskiej. Nawrócony heretyk.
Nieźle omamił żukowski klasztor i wykorzystał beneficjum chmieleńskie, goręczyńskie oraz kiełpińskie.
11. 1675r.- Casimirus Skrocki jednocześnie był zarządcą w Goręczynie
12. 1679r.- Ludovicus Przeczkowski - kanonik laterański, czyli należący do zgromadzenia zakonnego św. Augustyna
13. 1679r.- Joannes Mężyński, z tego samego zgromadzenia
14. 1681r.- Georgius Werechowski, administrator, a po jakimś czasie proboszcz
chmieleński. Później został proboszczem w Goręczynie
15. 1684r.- ojciec Stanisław (Stanisław Sowiński) gdański karmelita
16. 1687r.- Joannes Dewiliński, który zmarł w 1700r.
17. 1700r.- 1732r. Nicolaus Kręcki, założyciel szpitalika "szpëtôla"
18. 1732r. – Adamus Mielewski
19. Joannus Chrisostomi, który krótko był komendarzem i na nim J. Szwengiel kończy wyliczanie zarządzających chmieleńską parafią.
Pamiętając, ze liczba 19 nie wyczerpuje wszystkich proboszczów i zarządców (nie znamy nawet imion tych, którzy byli w Chmielnie do połowy XV wieku), zachowajmy kolejność zaproponowaną przez kartuskiego przeora i poznajmy następców, dla których możemy określić lata sprawowania urzędu.
20. 1756 - 1767 Mateusz Kuchtowski
21. 1767 - 1783 Michał Witk Niepoczotowski
22. 1783 - 1814 Antoni Lewiński
23. 1816 - 1859 Tadeusz Tempski
24. 1860 - 1882 Marcin Meier
25. 1882 - 1892 Augustyn Bober
26. 1893 - 1911 Józef Szotowski
27. 1912 - 1922 Konrad Hoffmann
28. 1922 - 1947 Antoni Dylewski
29. 1945 - 1947 Józef Bystron (administrator)
30. 1948 - 1956 Stanisław Gronowski
31. 1956 - 1974 Alojzy Karol Porzyński
32. 1974 - 1986 Franciszek Józef Koska
33. 1986 - 1994 Gerard Kulwicki
34. 1994 - 2014 Andrzej Józef Miszewski
35. 2014 - nadal Tomasz Rakowski

Opracowano na podstawie książki „Z dziejów parafii i Kościoła w Chmielnie” K. Krynickiej.