Budowę rozpoczęto w 1278 roku od wytyczenia i wzniesienia muru obwodowego zamku konwentualnego, zaprojektowanego jako prostokąt o wymiarach około 52 na 61 metrów. W narożach umieszczono charakterystyczne dla zamków krzyżackich wieżyczki, które wzniesione w końcowej fazie budowy powyżej ganków obronnych, akcentowały ozdobne szczyty poszczególnych skrzydeł Zamku. Dodatkowo stanowiły element obronny, umożliwiając ostrzał z czterech stron. W 1280 roku do Malborka przeniesiono konwent.
Pierwsi bracia zamieszkali w najwcześniej zbudowanym Skrzydle Północnym. Następnie wzniesiono Skrzydło Zachodnie, w którym znalazł się Refektarz i Izba Komtura. Zamek - klasztor został pod koniec XIII wieku otoczony murem obronnym. W ten sposób utworzono przestronne międzymurza, służące do spacerów oraz jako tereny pod magazyny oraz cmentarz braci zakonnych. W tym samym czasie zbudowano wieżę zwaną gdaniskiem, połączoną z Zamkiem długim krytym gankiem. Przeznaczono ją jako miejsce ostatecznej obrony. W wieży tej umieszczono także latrynę, podstawowym jej zadaniem było jednak kontrolowanie szlaku prowadzącego przez mosty, Baszty Mostowe oraz Bramę Szewską do miasta. Podobną, nieco mniejszą, wieżę zwaną Kleszą, umieszczono po przeciwległej stronie, w północno-wschodnim fragmencie muru obronnego. Obie wieże stanowiły dodatkowy element fortyfikacji, flankując warowny klasztor.
Na mocy II Pokoju Toruńskiego w 1466 roku Malbork przeszedł pod panowanie królów polskich i stał się stolicą Województwa Malborskiego. W 1772 roku, na mocy Pierwszego Rozbioru Polski Malbork i niemal całe Prusy Królewskie przeszły pod zwierzchność Prus.
Już od XVI wieku poczynając, Zamek Malborski funkcjonował w świadomości społecznej jako ważny pomnik historii, a także jako ciekawostka dla podróżujących. Zainteresowania te nie osłabły także w XVII wieku, kiedy to dokonywano naukowej analizy cech formalnych architektury zamków krzyżackich, w tym w szczególności Zamku Malborskiego. W XVIII wieku Zamek stanowił cel licznych podróży miłośników "starożytności", zaś na rosnącej fali romantyzmu i historyzmu stał się on obiektem kolejnych badań nad jego historią i architekturą. Opracowano wówczas pierwszą inwentaryzację Zamku Malborskiego posiadającą cechy naukowe. Protestowano także przeciwko prowadzonej na przełomie XVIII i XIX wieku rozbiórce Zamku, którą wstrzymano w 1804 roku. Po 1815 r. rozpoczęto zakrojone na szeroką skalę prace restauracyjne, nadzorowane przez najwybitniejszych architektów Prus. W wyniku ich interdyscyplinarnej współpracy odrestaurowany został wówczas Pałac Wielkich Mistrzów. Prace te stanowiły największy w ówczesnej Europie poligon doświadczalny dla metod konserwatorskich. Współpraca historyków z architektami stworzyła do dziś funkcjonujący model interdyscyplinarnego zespołu badawczego architektury. Prowadzone jednocześnie prace badawcze pozwoliły na poznanie historii Zakonu i jego budownictwa obronnego. W tym czasie Zamek stał się już obiektem zainteresowania zorganizowanego ruchu turystycznego, zaś liczba zwiedzających stale wzrastała.
W 1882 roku konserwatorem na Zamku w Malborku został Conrad Steinbrecht, który zainaugurował najważniejszy etap restauracji tego zabytku. Prowadzone przez niego prace poprzedzone były również dogłębnymi badaniami oraz przygotowaniem naukowym, których dokumentacja zachowała się w znacznej części po dzień dzisiejszy. W powiązaniu z substancją architektoniczną Zamku stanowi ona istotny przyczynek do historii konserwatorstwa.
Zamek pełnił szczególną rolę w systemie propagandy nazistowskiej III Rzeszy i był jednym z jej symboli. Pod koniec II Wojny Światowej silnie ufortyfikowany Zamek stał się twierdzą, broniącą się przez niemal 2 miesiące przed stojącą w mieście Armią Czerwoną. W wyniku zaciętych walk, uległo zniszczeniu około 40 % zabudowy, zaś w samej części wschodniej nawet do 80 %. Skala zniszczeń wojennych i zmiany polityczne, jakie miały miejsce po 1945 roku, postawiły pod znakiem zapytania celowość odbudowy symbolu, kojarzonego z Krzyżakami i niemieckim "Drang nach Osten".
Ostatecznie jednak podjęto decyzję o odbudowie Zamku jako polskiego dziedzictwa i powołaniu z dniem 1 stycznia 1961 r. Muzeum Zamkowego w Malborku. Od tego momentu prowadzone są systematyczne prace konserwatorskie, które mają na celu przede wszystkim zachowanie w dobrej kondycji tego ogromnego zespołu architektonicznego.
W 1997 roku zespół zamkowy wpisany został na listę światowego dziedzictwa kulturowego UNESCO.
Obecnie w Muzeum Zamkowym w Malborku eksponowanych jest 18 wystaw stałych. Do najważniejszych możemy zaliczyć:
"Malborska kolekcja bursztynu",
"Infirmeria na Zamku Średnim",
"PACIFICA TERRA Prusowie - Słowianie - Wikingowie u ujścia Wisły",
"Kapitularz na Zamku Wysokim",
"Broń w dawnych wiekach",
"Broń i Barwa",
"Kancelaria wielkich mistrzów w Malborku",
5 wystaw czasowych z których najważniejsze to:
"Czar srebra i magia złota - w kręgu monet i medali Prus Królewskich"
"Kafle z Centralnej Składnicy Muzealnej w zbiorach Muzeum Zamkowego w Malborku"
W murach średniowiecznej warowni co roku obywają się różnego rodzaju imprezy kulturalno-edukacyjne m.in.:
"Oblężenie Malborka" - organizowane jest cyklicznie od 2000 roku. Impreza ma zasięg ogólnopolski i nawiązuje do wydarzeń, które rozegrały się pod murami malborskiej twierdzy w 1410 r. po bitwie pod Grunwaldem.
"Międzynarodowy Festiwal Kultury Dawnej" - "Eurofolk" oraz wiele innych
