Wokół rezerwatu utworzono otulinę, która obejmuje pozostałą część kompleksu torfowiskowego oraz 12% obszaru jego zlewni. Celem ochrony rezerwatu jest zachowanie ekosystemu torfowiska alkalicznego z unikatową florą mchów i roślin naczyniowych. Nadzór nad rezerwatem sprawuje Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Gdańsku.

Rezerwat zlokalizowany jest na dnie doliny polodowcowej rozciągającej się pomiędzy jeziorami Węgorzyno i Głębokim. W przeszłości obszar ten był jeziorem, które stopniowo zarastało i przekształcało się w torfowisko. Zlądowienie jeziora przyspieszyła działalnością człowieka polegająca na zmeliorowaniu obszaru i odprowadzeniu wód do Słupi. Prawie całą powierzchnię rezerwatu zajmują różne ekosystemy torfowiskowe: w północnej i środkowej część rezerwatu są to mechowiska (torfowiska alkaliczne) zasilane podziemnymi wodami zasobnymi w węglan wapnia; w południowej dominują kwaśne i uboższe w składniki mineralne mszary, które głównie zasilane są wodami opadowymi.

Unikatowy charakter „Mechowiskom Sulęczyńskim” nadaje przede wszystkim torfowisko alkaliczne – jeden z najlepiej wykształconych obiektów tego typu w Polsce. Obecność węglanu wapnia w podłożu stwarza odpowiednie warunki dla roślin i zbiorowisk wapniolubnych (kalcyfilnych), które należą do najrzadszych składników torfowiskowej szaty roślinnej w Polsce – w województwie pomorskim zachowały się zaledwie w kilkunastu miejscach. Do grupy roślin kalcyfilnych należą m. in. storczyki: lipiennik Loesela i kruszczyk błotny, turzyce: tunikowa, dwupienna i łuszczkowata oraz ponikło skąpokwiatowe, dziewięciornik błotny i wełnianka szerokolistna. Niektóre z nich to relikty glacjalne, czyli gatunki będące pozostałością z okresu lodowcowego; są to m.in.: gwiazdnica grubolistna oraz mszaki: błotniszek wełnisty i mszar krokiewkowaty.

Występujące w południowej części rezerwatu mszary budowane są głównie przez torfowce oraz niewielką ilość gatunków roślin naczyniowych. Powierzchnie mszarów są bezdrzewne lub zajęte przez rzadko rosnące, niewysokie sosny. Skrajnie niekorzystne (ubogie i kwaśne) warunki pozwalają na występowanie wąskiej, wyspecjalizowanej grupy roślin. Należą do nich m.in.: owadożerna rosiczka okrągłolistna, bagnica torfowa, przygiełka biała i torfowce. Brak tu gatunków kalcyfilnych.

Na terenie rezerwatu występuje około 40 gatunków zwierząt kręgowych oraz bogata fauna bezkręgowców licząca około 130 gatunków. Większość kręgowców i około 20 % bezkręgowców, to gatunki chronione, zagrożone wyginięciem, rzadkie, np.: 11 gatunków trzmieli, motyle: czerwończyk nieparek, strzępotek soplaczek, czy zlokalizowana w otulinie rezerwatu najmniejsza polska ważka - iglica mała.

W przeszłości torfowisko było użytkowane: częściowo koszone lub wykorzystywane jako pastwisko, a w niektórych miejscach, głównie w południowej części rezerwatu, pozyskiwany był torf oraz kreda jeziorna. Tam też występują liczne potorfia (doły potorfowe), które po zaniechaniu eksploatacji zaczęły zarastać i obecnie są na różnych etapach zarastania – sukcesji roślinności torfowiskowej.

Zagrożeniem dla rezerwatu są:
• nadmierne odwadnianie rowami melioracyjnymi odprowadzającymi wodę z kompleksu torfowiskowego do Słupi powodujące przesuszenie niektórych części torfowiska i wkraczanie drzew i krzewów
• spływy zanieczyszczonych wód z dróg i terenów zabudowanych zmieniające warunki siedliskowe torfowisk i pojawianie się pospolitych lub inwazyjnych gatunków roślin, a ustępowanie cennych składników torfowiskowych
• rozprzestrzenianie się w obrębie mechowiska wysokich bylin (trzciny, turzycy błotnej, pałki szerokolistnej i pałki wąskolistnej), które stwarzają nadmierną konkurencję dla roślin torfowiskowych i powodują ich zanikanie
• sukcesja drzew i krzewów, głównie kępowych wierzb i brzozy, która powoduje zacienienie powierzchni torfowisk i zanikanie światłolubnych gatunków torfowiskowych
• potencjalnym zagrożeniem są wszelkie działania zmieniające warunki hydrologiczne torfowiska i jego zlewni

Rezerwat podlega ochronie czynnej. Dla utrzymania jego pełnej różnorodności przyrodniczej konieczne jest wykonywanie działań ochronnych:
• usuwanie drzew i krzewów z powierzchni mechowisk i mszarów (z zachowaniem fragmentów leśnych)
• koszenie powierzchni mechowisk zajętych przez wysokie byliny (głównie trzcinę i pałkę)
• zahamowanie nadmiernego odpływu wody z torfowiska

Dla skutecznej ochrony przyrody rezerwatu muszą obowiązywać określone zakazy (art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody), m.in.:
• budowy lub przebudowy obiektów nie służących celom rezerwatu
• zmiany stosunków wodnych, jeżeli zmiany te nie służą ochronie przyrody
• użytkowania, niszczenia, uszkadzania, zanieczyszczania obszarów i składników przyrody
• chwytania, zabijania i płoszenia zwierząt
• niszczenia i zbioru roślin i grzybów
• palenia ognisk
• zakłócania ciszy
• ruchu pieszego
• wprowadzania psów

Rezerwat nie jest udostępniony ze względu na trudne i niebezpieczne warunki (miejscami znaczne zabagnienie, pozostałości rowów), które mogą stanowić zagrożenie dla zwiedzających oraz konieczność ochrony wrażliwych na antropopresję, unikatowych zasobów przyrodniczych rezerwatu.

http://ine.eko.org.pl/index_areas.php?rek=184